L’autorisation de présenter en soutenance une thèse n’est pas automatique, elle est accordée par le chef d’établissement, après avis du directeur de l’École doctorale, sur proposition du directeur de thèse. Deux rapports préliminaires, rédigés par des professeurs qui ne dirigent pas la thèse et sont extérieurs à l’établissement, permettent ou non l’admission à soutenance.
La procédure relative à la soutenance de thèse a été validée par les commissions recherche de l'université de Strasbourg et de l'université de Haute Alsace Mulhouse, respectivement les 16 et 18 novembre 2016.
Cette procédure a été mise en conformité avec l'arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat (article 17, 18, 19).